<script>
var banner = new Array()
<!-- Первый баннер -->
banner[0] = new Array()
banner[0][0] = "http://картинка вашего баннера/.gif"
banner[0][1] = "http://ссылка для перехода"
banner[0][2] = "описание"
<!-- Конец первого баннера -->
<!-- Второй баннер -->
banner[1] = new Array()
banner[1][0] = "http://картинка другого баннера/.jpg"
banner[1][1] = "http://ссылка другого баннера/"
banner[1][2] = "Описание другого баннера"
<!-- Конец второго баннера -->
n = Math.random()*1
nb = Math.round(n)
document.write('<a href=' + banner[nb][1] + ' target=_blank>')
document.write('<img src=' + banner[nb][0] + ' alt=' + banner[nb][2] + ' border=0 ' + ' width=468 ' + ' height=60> </a>')
</script>
Заменяете выделенные значения на свои, и пользуйтесь. Скрипт прост и как правило не требует дополнительной настройки.